Проблему с коммитом пустых папок мы решили в первой статье Часть 1.
Но что если идет речь о папке application/logs/? Мы должны в правилах игнорирования прописать игнор всего содержимого в ней. Первое что приходит на ум:

syntax: glob
application/logs/**

А вот тут поджидает сюрприз — ранее помещенный туда файл .hidden игнорируется также. В итоге при клонировании такого репозитория, нашей папки application/logs/ не будет. Проблема решается так:

syntax: regexp
^uploads/(?!.hidden)
^application/logs/(?!.hidden)
^application/cache/(?!.hidden)

UPD:Часть3